攻略に当たる海軍部隊は[18]、第一根拠地隊司令官久保九次少将ひきいる支援隊（軽巡洋艦長良、第21駆逐隊〈若葉、子日、初霜〉）、攻略隊（第8駆逐隊〈第1小隊〔大潮、朝潮〕、第2小隊〔満潮、荒潮〕〉、第五設営班、陸軍輸送船2隻〈相模丸、笹子丸〉）、補給部隊（マカッサル海峡部隊〈筑紫、蒼鷹、第2駆潜隊、第1号駆潜艇〉、ケンダリー部隊〈白山丸、君島丸、第52駆潜隊、第1駆潜隊、いくしま丸〉）、さらに第8駆逐隊による第一次急襲作戦成功後は、長良を旗艦とする第二次輸送作戦が実施されるという兵力配置となった[19][20]。 当時の第8駆逐隊各艦は、第8駆逐隊司令阿部俊雄大佐（海軍兵学校46期）、大潮駆逐艦長吉川潔中佐（海兵50期）、朝潮駆逐艦長吉井五郎中佐（海兵50期）、満潮駆逐艦長小倉正味中佐（海兵51期）、荒潮駆逐艦長久保木英雄中佐（海兵51期）が指揮していた[21]。 バリ島攻略に投入される陸軍部隊は、第48師団の一部を抽出した金村亦兵衛少佐指揮の支隊[11][20]（台湾歩兵第一聯隊第三大隊、山砲1個小隊、独立工兵1個小隊：歩兵1個大隊基幹）と決定し、輸送船2隻（相模丸、笹子丸）に乗船することになった[15][22]。